Short hairpin RNA (shRNA) – II 편

2022-07-22

※ shRNA Controls Product Line

(1) GIPZ Control

	Product Description	Size/Format	Cat No.
Positive Control	GIPZ GAPDH Lentiviral shRNA Positive Control	Glycerol Stock	RHS4371 (H,M)
	GIPZ GAPDH Lentiviral shRNA Positive Control	Viral Particles	RHS4372 (H,M)
	GIPZ EG5 Lentiviral shRNA Positive Control	Glycerol Stock	RHS4480 (H,M)
	GIPZ EG5 Lentiviral shRNA Positive Control	Viral Particles	RHS4584 (H,M)
Negative Control	GIPZ Lentiviral Empty Vector	Glycerol Stock	RHS4349 (H,M)
	GIPZ Lentiviral Empty Vector	Viral Particles	RHS4351 (H,M)
	pSM2 Retroviral Empty Vector	Glycerol Stock	RHS1704 (H,M)
	pSMP Retroviral Empty Vector	Glycerol Stock	RHS4973 (H,M)
	GIPZ Non-silencing Lentiviral shRNA Control	Glycerol Stock	RHS4346 (H,M)
	GIPZ Non-silencing Lentiviral shRNA Control	Viral Particles	RHS4348 (H,M)

^{* TurboGFP reporter gene과 puromycin-resistance 포함}

(2) TRIPZ Inducible Lentiviral shRNA Control

	Product Description	Size/Format	Cat No.
Positive Control	TRIPZ GAPDH Inducible Lentiviral shRNA Positive Control	glycerol stock	RHS4744 (H)
Positive Control	TRIPZ GAPDH Inducible Lentiviral shRNA Positive Control	viral particles	RHS4930 (H)
Negative Control	TRIPZ Inducible Lentiviral Empty Vector	glycerol stock	RHS4750 (H)
	TRIPZ Non-silencing Inducible Lentiviral shRNA Control	glycerol stock	RHS4743 (H)
	TRIPZ Non-silencing Inducible Lentiviral shRNA Control	viral particles	RHS4827 (H)

^{* TurboRFP reporter gene 포함}

(3) SMARTvector (Inducible) Lentiviral Control

Type	Gene-based	Non-targeting (Control 1~12)
	Positive control	negative control
species	Human, mouse, rat
gene	GAPD, PPIB	–
Promoter	– hCMV, hEF1a, mCMV, mEF1a – Inducible: PGK, hEF1a, mCMV, mEF1a
Reporter	TurboGFP, TurboRFP
Inducible expression	●
Format	Glycerol stock, Lentiviral particles

* SMARTvector Non-targeting Control 1: 가장 일반적으로 사용되는 control로 몇 개의 gene을 포함하는 실험에 적합

** SMARTvector Non-targeting Control 2~12: screening 실험에서 여러가지 non-targeting control을 사용해야하는 실험에 적합

*** Empty vector 구매 가능

**** Non-targeting Control 4-Pack

: 특정 cell에서 가장 활성을 보이는 promoter 결정 가능

PGK, hEF1a, mCMV, mEF1a 가 포함된 각 SMARTvector Inducible Non-targeting Control

(4) TRC control

	Product description	Size/Format	Cat No.
Positive Control	TRC Lentiviral eGFP shRNA positive control	glycerol stock	RHS4459 (H,M)
Negative Control	pLKO.1 Empty Vector	glycerol stock	RHS4080 (H,M)
Negative Control	TRC Lentiviral Non-targeting Control	glycerol stock	RHS6848 (H,M)

A. 실험 디자인

일반적으로 실험 디자인을 할 경우, 4가지 sample을 한꺼번에 test

B. 실험 결과

1) shRNA의 effect는 RNA level에서 확인 필수 (qRT-PCR 결과 필요)

2) cell이나 gene의 종류에 따라 knockout 시간이나 정도의 차이가 있을 수 있음

(protein level을 western blot으로 확인할 경우, transfection 후 시간이 48hr이기 때문에

이미 mRNA를 통해 만들어진 protein이 남아 있을 확률이 높음)

⇒ 처음 실험한다면 반드시 mRNA를 측정해야 정확한 knockdown 확인 가능

3) Sequencing

각 Clone 별 Target sequence가 정확히 있는지 확인하는 과정 (3개 clone 이상)

– shRNA의 3개 clone 중 1개의 shRNA는 mRNA level 을 최소 70% knockdown 시키는 것을 보장

(셋 중 한 개 shRNA 만이라도 Knockdown effect를 나타낼 경우, 나머지 shRNA에 대해서는

guarantee 불가)

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