[Cell Signaling Techonology] CUT&Tag, CUT&RUN, ChIP
전통적인 방식의 실험을 원하신다면, ChIP
ChIP이란?
Chromatin Immunoprecipitation, 세포 내 자연적인 크로마틴 환경에서 단백질과 DNA 간의 상호작용을 연구하기 위한 항체 기반 기술입니다. ChIP 실험은 세포를 고정하여 단백질-DNA 상호작용을 교차결합하고, 크로마틴을 조각낸 후 관심 단백질을 항체로 면역침강(Immunoprecipitation)하는 방식으로 진행됩니다. Purified DNA 는 qPCR 또는 차세대 시퀀싱(NGS, ChIP-seq) 등의 분석을 통해 추가적으로 연구됩니다.
ChIP-seq Validated Antibodies
ChIP-qPCR에서 항체 성능이 좋다고 해서 ChIP-seq에서도 항체가 반드시 좋은 성능을 발휘하는 것은 아닙니다. ChIP-seq에 입증된 항체를 제공하기 위해 ChIP-seq에 맞게 검증을 진행합니다.
| No. | Product | Applications | Cells/Tissue | |
| 9002 | SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Agarose Beads) | ChIP | Cells | |
 |
9003 | SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) | ChIP, ChIP-seq | Cells |
| 9004 | SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Agarose Beads) | ChIP | Cells and Tissue | |
| 9005 | SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) | ChIP, ChIP-seq | Cells and Tissue | |
| 56383 | SimpleChIP® Plus Sonication Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) | ChIP, ChIP-seq | Cells and Tissue |
에서 선정한 Top 100 Assay Kits 중 Chromatin 관련 제품군에 유일하게 포함된 제품으로, 900회 이상의 논문 인용 수를 보여줍니다.
workflow
보다 빠른 실험을 원하신다면, CUT&Tag
CUT&Tag이란?
CUT&Tag(Cleavage Under Targets & Tagmentation)은 타겟의 1차 항체와 Protein AG-Tn5 transposase (pAG-Tn5)를
사용하여 특정 단백질과 DNA 복합체를 In vivo로 tagmentation을 진행하는 연구 방법입니다.
CUT&Tag의 장점
| Low cell number | Histones: 5K-10K cells, Transcription factors and cofactors: 20K cells, Tissues: 1-5mgs |
| Cell to Library DNA | 1~2 days (CUT&RUN 대비 25% 시간 절약) |
| Low sequencing depth | 2M reads (background가 낮아 적은 sequncing으로도 충분한 결과를 얻을 수 있음) |
| Avoid crosslinking artifacts | native chromatin 사용 추천 |
| Target versatility | Sequencing data for histones, histone modifications, certain transcription factor, certain cofactor |
| Antibody versatility | Protein AG사용으로 rabbit 혹은 mouse antibodies 모두 사용 가능 |
| CST protocol | 최적화된 라이브러리 준비 단계로 실험 과정이 단순하고 효율적인 프로토콜 제공 |
| Single cell analysis | 가능 |
CUT&Tag Products
| No. | Product | 규격 |
| 77552 | CUT&Tag Assay Kit | 1 kit (24 assays) |
개별 구매 가능 제품(Stand-alone Products)
| No. | Product |
| 79561 | CUT&Tag pAG-Tn5 (Loaded) |
| 47415 | CUT&Tag Dual Index Primers and PCR Master Mix for Illumina |
| 63228 | CUT&Tag PCR Master Mix |
| 35401 | Goat Anti-Rabbit IgG (H&L) Antibody |
| 52885 | Donkey Anti-Mouse IgG (H&L) Antibody |
| 2729 | Normal Rabbit IgG |
| 68860 | Normal Mouse IgG |
| 14209 | DNA Purification Buffers and Spin Columns (ChIP, CUT&RUN, CUT&Tag) |
| 93569 | Concanavalin A Magnetic Beads and Activation Buffer |
| 16359 | Digitonin Solution |
| 27287 | 100X Spermidine |
| 7012 | Protease Inhibitor Cocktail (200X) |
| 10012 | Proteinase K (20mg/ml) |
| 20533 | 10% SDS Solution |
| 7011 | 0.5M EDTA, pH 8.0 |
| 31415 | 10X Wash Buffer Binding Buffer (CUT&RUN, CUT&Tag) |
| 15338 | CUT&RUN Antibody Binding Buffer (CUT&RUN, CUT&Tag) |
workflow
샘플간 데이터 비교를 원하신다면, CUT&RUN
CUT&RUN이란?
CUT&RUN(Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease)은 특정 타겟의 1차 항체와 Protein AG-Micrococcal Nuclease (pAG-MNase)를 사용해 특정 단백질-DNA 복합체를 분리하는 방식입니다.
CUT&RUN의 장점
| Low cell number | Histones : 5K~10K cells, Transcription factors and cofactors : 10K~20K cells, Tissues: 1-5mgs |
| Cell to Library DNA | 2~3 days |
| Low sequencing depth | 3~5M reads |
| Avoid crosslinking artifacts | Histone : native chromatin 추천
Transcription factors and cofactors: : native chromatin 추천 |
| Target versatility | Sequencing and qPCR data for histones, histone modifications, transcription factor and cofactor |
| Antibody versatility | Protein AG사용으로 rabbit 혹은 mouse antibodies 모두 사용 가능 |
| CST protocol | 최적화된 라이브러리 준비 단계로 실험 과정이 단순하고 효율적인 프로토콜 제공 |
| Spike-In control DNA | Spike-in Control DNA를 사용하여 샘플 간 데이터 정규화(normalization) 가능 |
CUT&RUN Products
| No. | Product | 규격 |
| 86652 | CUT&RUN Assay Kit | 86652P 1kit(8 assays)
86652S 1kit(24 assays) |
개별 구매 가능 제품(Stand-alone Products)
| No. | Product |
| 93569 | Concanavalin A Magnetic Beads and activation buffer |
| 15338 | Antibody Binding Buffer |
| 31415 | 10X Wash Buffer |
| 42015 | CUT&RUN DNA Extraction Buffer |
| – | Calcium Chloride |
| 40366 | pAG-MNase Enzyme |
| 16359 | Digitonin Solution |
| 48105 | CUT&RUN 4X Stop Buffer |
| 27287 | 100X Spermidine |
| 7012 | Protease Inhibitor Cocktail (200X) |
| 10012 | Proteinase K (20 mg/ml) |
| 7013 | RNAse A (10 mg/ml) |
| 9751 | Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb |
| 66362 | Rabbit (DA1E) mAb IgG XP® Isotype Control (CUT&RUN) |
| 40366 | Sample Normalization Spike-In DNA (1 ng/μl) |
| – | Sample Normalization Primer Set |
| 4014 | SimpleChIP® Human RPL30 Exon 3 Primers |
| 7015 | SimpleChIP® Mouse RPL30 Intron 2 Primers |
workflow
ChIP, CUT&RUN, CUT&Tag 비교
| ChIP | CUT&RUN | CUT&Tag | |
| Histone | ✔ | ✔ | ✔ |
| transcription factor | ✔ | ✔ | ✔ * |
| cofactor | ✔ | ✔ | ✔ * |
| NGS | ✔ | ✔ | ✔ |
| qPCR | ✔ | ✔ | X |
| DNA Library Prep | In vitro | In vitro | In vivo |
| Cell to Library DNA | 3~5 일 | 2-3 일 | 1-2 일 |
| Low cell number | 800K ~ 1000K | Histones : 5,000 ~ 10,000
Transcription factors and cofactors : 10,000~20,000 |
Histones : 5,000 ~ 10,000
Transcription factors and cofactors : 20,000 |
| Single cell Analysis | X | X | ✔ |
| Sequencing Depth | 20-50 M | 3-5 M | 2 M |
* CUT&Tag는 높은 염도 조건에서 수행되므로, 이 조건에서 사용할 수 있는 validated antibody가 필요합니다. 관련 정보나 지원이 필요하면 문의 부탁드립니다.
Dual index Primers 및 PCR master Mix for Illumina System
| No. | Product |
| 88989 | SimpleChIP® Universal qPCR Master Mix |
| 56795 | DNA Library Prep Kit for Illumina Systems (ChIP-seq, CUT&RUN) |
| 29580 | Multiplex Oligos for Illumina Systems (Single Index Primers) (ChIP-seq, CUT&RUN) |
| 47538 | Multiplex Oligos for Illumina Systems (Dual Index Primers) (ChIP-seq, CUT&RUN) |
| 47415 | CUT&Tag Dual Index Primers and PCR Master Mix for Illumina Systems |
| 63228 | CUT&Tag PCR Master Mix |
