[Cell Signaling Technology] ChIP Assay (Chromatin Immunoprecipitation)

 

Chromatin Immunoprecipitation(ChIP)은 In-vitro 에서 생체 내 특정 시점에서의 Protein-DNA 상호작용을 관찰할 수 있는 실험기법입니다.

 

‣ 유전자 발현 조절 연구 :

     특정 유전자 발현이 어떻게 조절되는지 연구하기 위함.

‣ 염색체 구조 및 조절 연구 :

     염색체의 특정 영역에서 단백질과의 결합을 통해 염색체 구조와 조절을 연구하기 위함.

‣ 신호전달 네트워크 연구 :

     특정 신호전달 경로에서 특정 단백질이 어떻게 작용하는지를 이해하기 위함.

‣ 전사 인자 결합 연구 :

     전사 인자들이 어떤 유전자들과 상호작용하여 발현을 조절하는지 확인하기 위함.

 

 

 

특이적이지 않은 항체는 Non-specific binding을 유발하여 background noise를 증가시켜 target chromatin의 감지를 어렵게 할 수 있습니다.

 

 

1. Validated Target Specificity

‣ Positive/Negative control cell lines, knockout/siRNA treated cells를 사용하여 expected detection 확인.

‣ IHC/ICC 등 다른 application에서의 antibody performance 확인.

‣ Histone peptide array를 사용하여 Histone modification antibody의 specificity를 확인하고, 발생할 수 있는 Steric hindrance 확인.

 

2. Evaluated Signal to Noise Ratio

‣ Isotype control을 사용하여 허용 가능한 범위 내 low background(noise) signal 평가.

‣ Noise 대비 Histone의 경우 최소 10배, Transcription factor(or cofactor)의 경우 4~5배 signal enrichment 확인.

 

3. ChIP-seq guaranteed Antibody

**ChIP guaranteed antibody가 꼭 ChIP-seq에서도 performance를 가지진 않습니다.

‣ Antibody의 Non-specific binding은 ChIP-seq에서 더 많은 noise를 발생시킴.

‣ ChIP-seq antibody는 더 우수한 signal-to-ratio를 가져야 함.

‣ CST의 ChIP-seq antibody는 동일 target에 대한 경쟁 antibody와 공유 단백질 복합체의 subunit에 대한 항체, 동일 유전자 위치에 결합하는 다른 target protein에 대한 항체를 사용하여 검증됨.